Here is a list of all documented functions with links to the class documentation for each member:

- a -

• add() : kaori::MismatchTrie
• AnyMismatches() : kaori::AnyMismatches

- b -

• BarcodePool() : kaori::BarcodePool

- c -

• CombinatorialBarcodesPairedEnd() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size >
• CombinatorialBarcodesSingleEnd() : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >

- d -

• DualBarcodesPairedEnd() : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >
• DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics() : kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >
• DualBarcodesSingleEnd() : kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >
• DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics() : kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size, num_variable >

- f -

• FastqReader() : kaori::FastqReader

- g -

• get_barcode1_only() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >
• get_barcode2_only() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >
• get_combinations() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size, num_variable >
• get_counts() : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size, num_variable >, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size >, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >
• get_length() : kaori::MismatchTrie
• get_name() : kaori::FastqReader
• get_sequence() : kaori::FastqReader
• get_total() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size, num_variable >, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size >, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >

- i -

• initialize() : kaori::ScanTemplate< max_size >, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >, kaori::SimpleBarcodeSearch, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >

- m -

• MismatchTrie() : kaori::MismatchTrie

- n -

• next() : kaori::ScanTemplate< max_size >

- o -

• operator()() : kaori::FastqReader
• operator[]() : kaori::BarcodePool
• optimize() : kaori::MismatchTrie
• Options() : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::Options

- r -

• RandomBarcodeSingleEnd() : kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size >
• reduce() : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >, kaori::SimpleBarcodeSearch, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >

- s -

• ScanTemplate() : kaori::ScanTemplate< max_size >
• search() : kaori::AnyMismatches, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >, kaori::SegmentedMismatches< num_segments >, kaori::SimpleBarcodeSearch
• search_best() : kaori::SimpleSingleMatch< max_size >
• search_first() : kaori::SimpleSingleMatch< max_size >
• SegmentedBarcodeSearch() : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >
• SegmentedMismatches() : kaori::SegmentedMismatches< num_segments >
• set_first() : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >
• SimpleBarcodeSearch() : kaori::SimpleBarcodeSearch
• SimpleSingleMatch() : kaori::SimpleSingleMatch< max_size >
• SingleBarcodePairedEnd() : kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >
• SingleBarcodeSingleEnd() : kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >
• size() : kaori::BarcodePool, kaori::MismatchTrie
• sort() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size >, kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size, num_variable >

- v -

• variable_regions() : kaori::ScanTemplate< max_size >