Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- a -

• add() : kaori::AnyMismatches, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >
• AnyMismatches() : kaori::AnyMismatches

- b -

• BarcodePool() : kaori::BarcodePool
• block_size : kaori::ProcessPairedEndDataOptions, kaori::ProcessSingleEndDataOptions

- c -

• CombinatorialBarcodesPairedEnd() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size_ >
• CombinatorialBarcodesSingleEnd() : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >

- d -

• DualBarcodesPairedEnd() : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >
• DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics() : kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size_ >
• DualBarcodesSingleEnd() : kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >
• DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics() : kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size_, num_variable_ >
• duplicate_cleared : kaori::TrieAddStatus
• duplicate_replaced : kaori::TrieAddStatus
• duplicates : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options

- f -

• FastqReader() : kaori::FastqReader< Pointer_ >
• finished : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State
• forward_mismatches : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State
• forward_variable_regions() : kaori::ScanTemplate< max_size_ >

- g -

• get_barcode1_only() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size_ >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size_ >
• get_barcode2_only() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size_ >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size_ >
• get_combinations() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size_ >, kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size_ >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size_, num_variable_ >
• get_counts() : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size_ >, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size_, num_variable_ >, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >
• get_name() : kaori::FastqReader< Pointer_ >
• get_sequence() : kaori::FastqReader< Pointer_ >
• get_total() : kaori::CombinatorialBarcodesPairedEnd< max_size_ >, kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >, kaori::DualBarcodesPairedEndWithDiagnostics< max_size_ >, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >, kaori::DualBarcodesSingleEndWithDiagnostics< max_size_, num_variable_ >, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >

- h -

• has_ambiguous : kaori::TrieAddStatus

- i -

• index : kaori::AnyMismatches::Result, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >::Result, kaori::SimpleBarcodeSearch::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State
• initialize() : kaori::ScanTemplate< max_size_ >, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >, kaori::SimpleBarcodeSearch, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >
• is_duplicate : kaori::TrieAddStatus

- l -

• length() : kaori::AnyMismatches, kaori::BarcodePool, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >

- m -

• max_mismatches : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options
• max_mismatches1 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• max_mismatches2 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• mismatches : kaori::AnyMismatches::Result, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >::Result, kaori::SimpleBarcodeSearch::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State

- n -

• next() : kaori::ScanTemplate< max_size_ >
• num_threads : kaori::ProcessPairedEndDataOptions, kaori::ProcessSingleEndDataOptions

- o -

• operator()() : kaori::CombinationHash< num_variable_ >, kaori::FastqReader< Pointer_ >
• operator[]() : kaori::BarcodePool
• optimize() : kaori::AnyMismatches, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >
• Options() : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options

- p -

• per_segment : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >::Result
• pool() : kaori::BarcodePool
• position : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State

- r -

• random : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• RandomBarcodeSingleEnd() : kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >
• reduce() : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >, kaori::SimpleBarcodeSearch, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >
• reverse : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State
• reverse_mismatches : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State
• reverse_variable_regions() : kaori::ScanTemplate< max_size_ >

- s -

• ScanTemplate() : kaori::ScanTemplate< max_size_ >
• search() : kaori::AnyMismatches, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >, kaori::SimpleBarcodeSearch
• search_best() : kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >
• search_first() : kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >
• SegmentedBarcodeSearch() : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >
• SegmentedMismatches() : kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >
• set_first() : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >
• SimpleBarcodeSearch() : kaori::SimpleBarcodeSearch
• SimpleSingleMatch() : kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >
• SingleBarcodePairedEnd() : kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >
• SingleBarcodeSingleEnd() : kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >
• size() : kaori::AnyMismatches, kaori::BarcodePool, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >
• strand : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options
• strand1 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• strand2 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options

- u -

• use_first : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options

- v -

• variable_mismatches : kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State
• variable_regions() : kaori::ScanTemplate< max_size_ >