Here is a list of all documented variables with links to the class documentation for each member:

- b -

• block_size : kaori::ProcessPairedEndDataOptions, kaori::ProcessSingleEndDataOptions

- d -

• duplicate_cleared : kaori::TrieAddStatus
• duplicate_replaced : kaori::TrieAddStatus
• duplicates : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options

- f -

• finished : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State
• forward_mismatches : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State

- h -

• has_ambiguous : kaori::TrieAddStatus

- i -

• index : kaori::AnyMismatches::Result, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >::Result, kaori::SimpleBarcodeSearch::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State
• is_duplicate : kaori::TrieAddStatus

- m -

• max_mismatches : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options
• max_mismatches1 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• max_mismatches2 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• mismatches : kaori::AnyMismatches::Result, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >::Result, kaori::SimpleBarcodeSearch::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State

- n -

• num_threads : kaori::ProcessPairedEndDataOptions, kaori::ProcessSingleEndDataOptions

- p -

• per_segment : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments_ >::Result
• position : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State

- r -

• random : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• reverse : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments_ >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State
• reverse_mismatches : kaori::ScanTemplate< max_size_ >::State

- s -

• strand : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options
• strand1 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options
• strand2 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options

- u -

• use_first : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size_, num_variable_ >::Options, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size_ >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size_ >::Options

- v -

• variable_mismatches : kaori::SimpleSingleMatch< max_size_ >::State