Here is a list of all documented variables with links to the class documentation for each member:

- d -

• duplicate_cleared : kaori::MismatchTrie::AddStatus
• duplicate_replaced : kaori::MismatchTrie::AddStatus
• duplicates : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >::Options, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >::Options, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >::Options

- f -

• finished : kaori::ScanTemplate< max_size >::State
• forward_mismatches : kaori::ScanTemplate< max_size >::State

- h -

• has_ambiguous : kaori::MismatchTrie::AddStatus

- i -

• index : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments >::Result, kaori::SimpleBarcodeSearch::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::State
• is_duplicate : kaori::MismatchTrie::AddStatus

- l -

• length : kaori::BarcodePool

- m -

• max_mismatches : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size >::Options, kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >::Options
• max_mismatches1 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options
• max_mismatches2 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options
• mismatches : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::State, kaori::SimpleBarcodeSearch::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::State

- p -

• per_segment : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::State, kaori::SegmentedMismatches< num_segments >::Result
• pool : kaori::BarcodePool
• position : kaori::ScanTemplate< max_size >::State, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::State

- r -

• random : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options
• reverse : kaori::SegmentedBarcodeSearch< num_segments >::Options, kaori::SimpleBarcodeSearch::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::State
• reverse_mismatches : kaori::ScanTemplate< max_size >::State

- s -

• STATUS_AMBIGUOUS : kaori::MismatchTrie
• STATUS_MISSING : kaori::MismatchTrie
• strand : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size >::Options, kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >::Options
• strand1 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options
• strand2 : kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options

- t -

• total : kaori::SegmentedMismatches< num_segments >::Result

- u -

• use_first : kaori::CombinatorialBarcodesSingleEnd< max_size, num_variable >::Options, kaori::DualBarcodesPairedEnd< max_size >::Options, kaori::DualBarcodesSingleEnd< max_size >::Options, kaori::RandomBarcodeSingleEnd< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodePairedEnd< max_size >::Options, kaori::SingleBarcodeSingleEnd< max_size >::Options

- v -

• variable_mismatches : kaori::SimpleSingleMatch< max_size >::State